中国科学院上海巴斯德研究所（以下简称研究所）成立于2004年10月11日，是中国科学院直属事业单位。 

研究所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大感染性疾病的致病机制等关键科学问题，以病原发现、病原与宿主互作及应对技术为着力点，着力推动病原学、免疫学和疫苗学等学科创新与发展，为传染病防控提供科技支撑和解决方案。